El año 2000 se inauguró el Centro de Tecnologías Avanzadas de Manufactura (CETAM), para la capacitación de estudiantes y profesionales en las tecnologías más avanzadas para la manufactura y automatización. Este centro sentó las bases para la creación de la carrera de Ingeniería Mecatrónica. Para el año 2008, la Asamblea Universitaria aprobó la creación de la carrera de Ingeniería Mecatrónica en la Facultad de Ciencias e Ingeniería, indicando el inicio del programa para el año 2009. El programa contempló desde sus inicios el soporte en infraestructura y en personal docente de los programas de Ingeniería Mecánica e Ingeniería Electrónica, principalmente. Así también, se construyeron laboratorios propios del programa en ambientes sobre el edificio del CETAM. El año 2010 se conformó el Comité de Gestión del Programa con el propósito de servir de apoyo a las autoridades de la Facultad de Ciencias e Ingeniería y del Departamento de Ingeniería en la generación de sinergias entre la Ingeniería Mecatrónica y las otras especialidades afines. A finales del año 2021, dado el crecimiento del programa, la Asamblea Universitaria aprobó la creación de la Sección Ingeniería Mecatrónica, adscrita al Departamento de Ingeniería, con el objetivo de garantizar que los recursos necesarios (servicios institucionales, apoyo financiero y personal) sean adecuados para satisfacer las necesidades del programa.